По сообщению разработчиков, Яндекс.DNS ограждает компьютер от вирусов, а пользователя от мошенников. Под компьютером следует понимать и мобильные устройства. Яндекс.DNS, имея настройки под компьютер, мобильный телефон, может также защитить всю сеть, если используется роутер. Существуют также прошивки для устройств ZyXEL и D-Link.

Яндекс.DNS обеспечивает работу в трех режимах. Для защиты от вирусов и мошеннических ресурсов следует ориентироваться на «Безопасный» режим. Режим «Семейный» заблокирует пути к «взрослым» и опасным ресурсам. Режим «Без фильтрации» даст пользователю быстрый DNS-сервер.

Яндекс.DNS, фильтруя результаты выдачи, использует данные поиска, а также собственный антивирусник. Попытка пользователя открыть опасный сайт блокируется, сопровождаясь соответствующим сообщением. Разработчики утверждают, что Яндекс.DNS не снижает скорость Интернет.